Шкодран Мустафи родился 17 апреля 1992 года в немецком городе Бад-Херсфельд в семье албанцев родом из небольшого городка Гостивара, который находится на территории современной Македонии. Шкодран начинал свою карьеру в любительском клубе ФК Бебра, затем транзитом через Ротенбург оказался в академии Гамбурга.

В 2009 году, став чемпионом Европы U17, юный Мустафи, несмотря на интерес таких грандов как Манчестер Сити и Боруссия Дортмунд, оказался в скромном Эвертоне, где дела у него сложились не лучшим образом. Тогдашний рулевой ирисок Дэвид Мойес не доверял юному дарованию, выпустив на поле лишь однажды, в матче Лиги Европы против беларусского БАТЭ. Британские эксперты критиковали Мойеса, считая Мустафи одной из главных транферных неудач Эвертона.

В итоге клуб и игрок решили не продлевать контракт, и Мустафи зимой 2012 года бесплатно перебрался в итальянскую Сампдорию, которая на тот момент играла в серии B. Вскоре генуэзская команда вернулась в элиту итальянского футбола, а сам Мустафи стал играть ключевую роль в защите.

Шкодран прошел все возрастные сборные бунтестим, где считался главной звездой. 28 февраля 2014 года он впервые оказался в главной сборной страны. Правда тогда в матче против сборной Чили он не сыграл, а дебютировал лишь 13 мая 2014 года в товарищеском матче против Польши, отыграв все 90 минут.

Перед мундиалем 2014 года серьезную травму получил один из ведущих игроков бундестим Марко Ройс, и вместо него в заявке сборной Германии оказался малоизвестный защитник скромной Сампдории Шкодран Мустафи. Многие критиковали коуча немецкой сборной за такое решение, но игра Мустафи заставила всех замолчать. Он провел 2 матча на групповом этапе и матч 1/8 финала против сборной Алжира, где на 70 минуте получил серьезную травму - надрыв задней поверхности правого бедра. К сожалению, мундиаль для Шкодрана закончился, но сборная Германии победила и Мустафи стал чемпионам мира. Чемпионом мира через 2.5 года после того, как бесплатно покинул Эвертон

Сразу после ЧМ охоту на Мусту начали Ювентус, Милан, Боруссия Дортмунд, Шальке. В итоге Мустафи оказался в Валенсии за сумму 8 миллионов евро.

Всего за один сезон в Валенсии Шкодран вырос в игрока мирового уровня. Он считается одним из лучших защитников примеры, а его дуэт с Николасом Отаменди считается одним из самых надежных не только Ла Лиги, но и Европы. Интерес к нему растет с каждым днем, но сам Муста неоднократно заявлял, что его не интересуют интересы других клубов и он счастлив в Валенсии.

1 марта 2015 года в рамках очередного тура примеры Валенсия на стадионе Месталья принимала Реал Сосьедад, который возглавлял... Дэвид Мойес, тот самый, которому Мустафи ненужен был. Шкодран выдал блестящую игру, благодаря которому Валенсия победила со счетом 2-0.

Шкодран Мустафи - сын албанских иммигрантов, будущее сборной Германии, жемчужина сегодняшней Валенсии.